شورای عالی حوزههای علمیه با صدور پیامی، تشییع تاریخی، حماسی و باشکوه رهبر شهید را «اعلامِ جهاد» و «پیامِ خونخواهی و انتقام» عنوان کرد و با بیان اینکه خون پاک ایشان، جبهه مقاومت را از همیشه قدرتمندتر و مصممتر ساخته است، تاکید کرد: همزمان با تأکید و تصریح مجدد رهبر معظم انقلاب در حتمیت و لزوم قصاص قاتلان رهبر شهید، همگرایی ندای مردمی و اشارت رهبری، تحقق خونخواهی و انتقام از عاملان تبهکار و جنایتکار جهانی را نزدیک میکند.
شورای عالی حوزههای علمیه با صدور بیانیهای به مناسبت ماه محرم، با بیان اینکه بدون شک یکی از مهمترین مسایل امروز ما توجه به اصل حفظ وحدت در جامعه و پرهیز از اختلافات پوچ سیاسی است، تأکید کرد: خطبا و مبلغان باید به توصیه مکرر رهبر انقلاب در رعایت نعمت عظیم وحدت ملّی و انسجام بیبدیلی که حول پرچم ایران اسلامی به ملّت بعثت یافته ارزانی شده و در زمرهی مهمترین عوامل ظفر در مقابل شیطان بزرگ میباشد، توجه وافر داشته و مردم را نیز به آن دعوت و توصیه نمایند.
آیت الله مکارم شیرازی در دیدار اعضای شورای عالی حوزههای علمیه ،حفظ سنتهای اصیل حوزوی همچون «درس آزاد» را مهم ارزیابی کرد و تصریح کرد: در حالی که سعی در حفظ سنتهای حوزه دارید، همزمان به شرایط زمان توجه کنید.
دبیر شورای عالی حوزههای علمیه با بیان اینکه منشور مقام معظم رهبری برای حوزههای علمیه نقشه راه است، گفت: باید حوزههای علمیه، شورای عالی و تمام اساتید و شما عزیزان جهت تحقق فرمایشات مقام معظم رهبری وظایف خود را به درستی انجام دهند. دبیرخانه شورای عالی حوزههای علمیه برای این کار کمیسیونهای مختلفی راه اندازی کرده تا محورهای مختلف این منشور را عملیاتی کند.